מהם היתרונות של מיקרוסקופ פלואורסצנטי של שני פוטונים
1) אור באורך גל ארוך מושפע פחות מפיזור מאשר אור באורך גל קצר וחודר בקלות לדגימה;
2) המולקולות הפלורסנטיות מחוץ למישור המוקד אינן נרגשות, כך שיותר אור עירור יכול להגיע למישור המוקד, כך שאור העירור יוכל לחדור לדגימות עמוקות יותר;
3) אור קרוב לאינפרא אדום באורך גל ארוך פחות רעיל לתאים מאשר אור באורך גל קצר;
4) בעת התבוננות בדגימות במיקרוסקופ דו-פוטונים, הלבנה פוטו-טוקסית מתרחשת רק במישור המוקד. לכן, מיקרוסקופיה דו-פוטונים מתאימה יותר ממיקרוסקופיה של פוטונים בודדים לתצפית על דגימות עבות, לתצפית על תאים חיים או לניסויים בהלבנה נקודתית.





