שני שימושים במיקרוסקופים:
מיקרוסקופ ביולוגי: באופן כללי, ניתן לחלק מיקרוסקופים לשתי קטגוריות: סטריאומיקוסקופים ומיקרוסקופים ביולוגיים. בשל מטרות ודרישות שונות, צצו סניפים רבים, אך העקרונות הבסיסיים נשארים זהים. קיטוב, ניגודיות פאזה, העברה ואור נופל עדיין מסווגים כמיקרוסקופים ביולוגיים.
מיקרוסקופ סטריאוסקופי: המכונה גם ניתוק מיקרוסקופ, מיקרוסקופ מוצק וסטריאומיקוסקופ, זהו מיקרוסקופ עם שימושים רבים. קל לתפעול, אינו דורש סטנדרטים גבוהים לדגימות, יש לו מרחק עבודה ארוך ויש לו תחושה חזקה של תלת מימד במהלך התבוננות. זה יכול לצפות בחפצים פיזיים ולבצע פעולות מסוימות על דגימות בזמן התבוננות. בניגוד למיקרוסקופים ביולוגיים הדורשים פריסת דגימות, פרוסות דורשות טכניקות וציוד תואמים. לפיכך, לסטריאו -מיקרוסקופים יש מגוון רחב של יישומים במיקרו -אלקטרוניקה, הרכבה ותחזוקה של מכשירי דיוק, גילוף מיקרו ושדות אחרים. בשימוש נרחב בתחומי הביולוגיה והרפואה לפעולות אנטומיות ומיקרו -ניתוחי (מסווג כיום כמיקרוסקופים כירורגיים), מקור האור שלו יכול להשתמש רק במקורות אור קרים (סיבים אופטיים) בתחומי הביולוגיה והרפואה; משמש בתעשייה לצורך התבוננות, הרכבה, בדיקה ועבודות אחרות של רכיבים קטנים ומעגלים משולבים.
מיקרוסקופ מטלוגרפי: אנשים רבים אוהבים לכתוב אותו כ"מיקרוסקופ מוזהב ". מיקרוסקופ מטלוגרפי הוא מיקרוסקופ המשמש באופן ספציפי לצפייה במבנה המטלוגרפי של אובייקטים אטומים כמו מתכות ומינרלים. לא ניתן לצפות באובייקטים אטומים אלה במיקרוסקופ שידור רגיל, ולכן ההבדל העיקרי ביניהם הוא שהראשון משתמש באור משתקף ואילו האחרון משתמש באור מועבר לצורך תאורה. במיקרוסקופ מטלוגרפי, קרן ההארה מופנית מהעדשה האובייקטיבית לכיוון פני השטח של האובייקט שנצפה, המשתקפת על ידי משטח האובייקט ואז חוזרת לעדשה האובייקטיבית להדמיה. שיטת תאורה רפלקטיבית זו נמצאת בשימוש נרחב גם בגילוי פרוסות סיליקון משולבות.
