ישנם שני סוגים של מיקרוסקופים פלואורסצנטיים מבחינת הנתיב האופטי שלהם
1. מיקרוסקופ פלואורסצנטי שידור: מקור אור העירור מועבר דרך חומר הדגימה דרך עדשת מעבה כדי לעורר פלואורסצנטיות. מקובל להשתמש בקולט שדה כהה, וניתן להשתמש בקולט רגיל גם כדי לכוונן את המראה כך שאור העירור יופנה מחדש ויעקוף אל הדגימה. זהו מיקרוסקופ פלורסנט ישן יותר. היתרון הוא שהקרינה חזקה בהגדלה נמוכה, אך החיסרון הוא שהקרינה יורדת עם עליית ההגדלה. לכן, עדיף להתבונן בחומרי דגימה גדולים יותר.
2. מיקרוסקופ אפי פלואורסצנטי הוא סוג חדש של מיקרוסקופ פלואורסצנטי שפותח בתקופה המודרנית. ההבדל הוא שאור העירור נופל מעדשת האובייקטיבית אל פני השטח של הדגימה, כלומר, אותה עדשת אובייקטיבית משמשת כמעבה הארה ועדשת האובייקטיב לאיסוף הקרינה. יש להוסיף מפצל אלומה דיכרואי בנתיב האור, שנמצא במרחק של 45 מעלות מהאורניום הקל. אור העירור מוחזר לתוך עדשת המטרה ונאסף על המדגם. הקרינה הנוצרת על ידי הדגימה ואור העירור המוחזר על ידי משטח העדשה של עדשת האובייקט ומשטח זכוכית הכיסוי נכנסים לעדשת האובייקטיבית בו זמנית, וחוזרים למפצל האלומה הדו-צבעוני כדי להפוך את אור העירור להפרדה מהפלורסנטיות. , אור עירור שיורי נספג על ידי מסננים חוסמים. כמו שינוי לשילוב של מסנן עירור שונה/מפצל אלומה בשני צבעים/מסנן חסימה, זה יכול לענות על הצרכים של מוצרי תגובה פלורסנטיים שונים. היתרון של מיקרוסקופ פלואורסצנטי מסוג זה הוא שההארה של שדה הראייה אחידה, ההדמיה ברורה וככל שההגדלה גדולה יותר כך הקרינה חזקה יותר.
