המבנה המיוחד של מיקרוסקופ פלואורסצנטי כולל:
(I) מערכת סינון צבע
מסנן צבע הוא חלק חשוב ממיקרוסקופ הקרינה, מרכיבי הליבה שלו באמצעות מסנן אור עירור (מסנן מחסום ראשון), מסנן אור פליטה (מסנן מחסום שני) וחציו שקוף וחצי אנטי פילטר (מראה מפצלת אלומה) . יצרנים שונים של דגמי מסנני צבע, השם לרוב אינו אחיד.
1. מסנן אור עירור ומסנן אור פליטה: על פי מקור האור והמאפיינים של הפלואורוכרום, בדרך כלל יש לבחור את שלושת סוגי ההתאמה הבאים, כדי לספק טווח אורכי גל מסוים של אור העירור, ולבצע את עירור הדגימה של הקרינה באמצעות העינית להדמיה.
עירור UV: מסנן אור העירור מאפשר העברת אור UV וחוסם את מעבר האור הנראה מעל 400 ננומטר. מסנן הפליטה המתאים מאפשר מעבר של אור כחול, הנראה כחול בשדה הראייה, למשל עבור צביעת DAPI.
עירור אור כחול: מסנן אור העירור מאפשר לאור כחול לעבור דרכו, וחוסם אורכי גל אחרים של אור. מסנן הפליטה המתאים מאפשר מעבר של אור ירוק, למשל עבור סמני צביעת GFP.
עירור ירוק: מסנן העירור מאפשר לאור ירוק לעבור דרכו, חוסם אורכי גל אחרים. מסנן הפליטה המקביל מאפשר בדרך כלל לעבור לאור אדום, למשל צביעת Rhodamine.
2. פילטר חצי שקוף וחצי רפלקטיבי: תפקידו לחסום לחלוטין את עירור האור דרך ההשתקפות; ודרך טווח אורכי הגל המתאים של האור הנפלט. הדגם שלו והעירור של מסנני אור ופליטת מסנני אור תואמים.
(ב) עדשת אובייקטיבית ועינית
ניתן ליישם מגוון עדשות אובייקטיביות, אך * בחירה טובה של עדשת אובייקטיבית סימטרית, אכרומטית, בגלל האוטופלואורסצנטי שלה קטן מאוד ותכונות העברת אור (טווח אורכי גל) מתאימות לקרינה. מכיוון שבהירות הקרינה של התמונה בשדה הראייה של המיקרוסקופ היא פרופורציונלית לריבוע של קצב הלוע של המטרה ופרופורציונלית הפוך להגדלה שלו, כך על מנת לשפר את בהירות תמונת הקרינה, המטרה עם קצב הלוע הגדול צריך לשמש. במיוחד עבור הקרינה אינה חזקה מספיק דגימות, צריך להשתמש בקצב הפה גדול, מטרת העברת אור גבוהה, עם נמוך ככל האפשר עם העינית.
(ג) מכשירים אופטיים אחרים
רפלקטור, השכבה הרפלקטיבית שלו היא בדרך כלל מצופה אלומיניום, מכיוון שאלומיניום על האולטרה סגול והאור הנראה קליטה של אזור כחול-סגול פחות, משקף עד 90% או יותר (בעוד שהרפלקטיביות של כסף היא רק 70%). מחזירי אור שטוחים משמשים בדרך כלל. מראת זרקורים, תוכננה ויוצרת במיוחד עבור מיקרוסקופ פלואורסצנטי מראת זרקורים עשויה זכוכית קוורץ או זכוכית שקופה אחרת UV. מכשיר אור נופל, אשר בנוסף לתפקוד של מקור אור משודר, מתאים יותר לדגימות אטומות ושקופות, כגון סרט עבה, קרום סינון, מושבה, תרבית רקמה ודגימות אחרות לצפייה ישירה. בשנים האחרונות, פיתוח של סוג חדש של מיקרוסקופ פלואורסצנטי באמצעות מכשיר אור נופל, הנקרא מיקרוסקופ פלואורסצנטי נופל.
(ד) מקור אור
כיום, מנורת כספית בלחץ גבוה של 50 או 100W משמשת כמקור אור. עבודה על ידי פריקת שתי האלקטרודות, הנגרמת על ידי אידוי כספית, כדור האוויר עולה במהירות (תהליך זה נמשך בדרך כלל כ-5 ~ 15 דקות), ובתהליך של פליטת קוונטות אור, אורך הגל של האור המשוחרר מספיק כדי לעורר כל סוגי החומרים הפלורסנטיים, לכן, עבור מיקרוסקופ פלואורסצנטי משמש בדרך כלל.
למנורות כספית חיי שירות קצרים יחסית, בדרך כלל 200 שעות, ובתגובה למגבלת חיי שירות זו, בשנים האחרונות נעשה שימוש נרחב במקור אור פלורסנט חדש, X-Cite, בשל חיי המנורה הארוכים של 2000 שעות והשימוש הגמיש שלו. - אין צורך בחימום מוקדם, והוא מוכן לשימוש ישירות מהקופסה.
