1. הגדלה
שלא כמו מיקרוסקופים אופטיים רגילים, ב-SEM, ההגדלה נשלטת על ידי שליטה בגודל 3-אזור הסריקה. אם נדרשת הגדלה גבוהה יותר, פשוט סרוק שטח קטן יותר. ההגדלה מתקבלת על ידי חלוקת אזור המסך/צילום באזור הסריקה. לכן, ב-SEM, לעדשה אין שום קשר להגדלה.
2. עומק שדה
ב-SEM, ניתן למקד ולהצטלם היטב את נקודות המדגם הממוקמות באזור שכבה קטן מעל ומתחת למישור המוקד. העובי של השכבה הקטנה הזו נקרא עומק השדה והוא בדרך כלל בעובי של כמה ננומטרים, כך שניתן להשתמש ב-SEM להדמיה תלת מימדית של דגימות ננומטריות.
3. נפח פעולה
קרן האלקטרונים לא רק מקיימת אינטראקציה עם האטומים על פני הדגימה, היא למעשה מקיימת אינטראקציה עם האטומים בדגימה בטווח עובי מסוים, כך שיש אינטראקציה "נפח". עובי עוצמת הקול משתנה בהתאם לאות:
Ou Ge Electronics: 0.5~ 2nm.
אלקטרונים משניים: 5A, עבור מוליכים, λ=1 ננומטר; עבור מבודדים, λ=10 ננומטר.
אלקטרונים מפוזרים לאחור: פי 10 מאלקטרונים משניים.
צילומי רנטגן אופייניים: סולם מיקרון.
רצף רנטגן: גדול מעט מקרני רנטגן אופייניות, גם בסולם המיקרומטר.
4. מרחק עבודה
מרחק עבודה מתייחס למרחק האנכי מהאובייקט לנקודה הגבוהה ביותר של המדגם.
אם מרחק העבודה גדל, ניתן לקבל עומק שדה גדול יותר בתנאי ששאר התנאים יישארו ללא שינוי.
אם מרחק העבודה מצטמצם, ניתן לקבל רזולוציה גבוהה יותר בכל מקרה.
מרחק העבודה הנפוץ הוא בין 5 מ"מ ל-10 מ"מ.
5. הדמיה
אלקטרונים משניים ואלקטרונים מפוזרים לאחור יכולים לשמש להדמיה, האחרון אינו טוב כמו הראשון, ולכן בדרך כלל משתמשים באלקטרונים משניים.
6. ניתוח פני השטח
תהליך היצירה של אלקטרוני אוג, קרני רנטגן אופייניות ואלקטרונים מפוזרים לאחור קשורים כולם לתכונות האטומיות של הדגימות, כך שניתן להשתמש בהם לניתוח הרכב. עם זאת, מכיוון שקרן האלקטרונים יכולה לחדור רק לשכבה רדודה מאוד של פני הדגימה (ראה נפח פעולה), היא יכולה לשמש רק לניתוח פני השטח.
ניתוח קרני רנטגן אופייני הוא ניתוח פני השטח הנפוץ ביותר, ונעשה שימוש בשני סוגים של גלאים: מנתח ספקטרום אנרגטי ומנתח ספקטרום. הראשון מהיר אך לא מדויק, השני מדויק מאוד ויכול לזהות נוכחות של יסודות קורט אך לוקח יותר מדי זמן.
