ההבדל בין מיקרוסקופ אורתוגונלי למיקרוסקופ הפוך
בגלל האופי השונה של האובייקט שיש לצפות בו, אז יש הבדל גדול בבחירת המיקרוסקופ, בדרך כלל משתמשים בו הכי הרבה הוא מיקרוסקופ אורטופטי רגיל ומיקרוסקופ הפוך, מיקרוסקופ אורטופטי ומיקרוסקופ הפוך: ישנם ההבדלים הבאים:
מיקרוסקופ אורתוסטטי הוא המיקרוסקופ הנפוץ ביותר במעבדה ובכיתה, דיסק ממיר העדשה האובייקטיבית שלו פונה כלפי מטה, שלב הנשא בעדשת האובייקטיב למטה. בעת התבוננות באובייקט, האובייקט הנצפה מונח על במת הנשא, ועדשת האובייקטיבית מתקרבת למגלשה מלמעלה לצורך התבוננות. מרחק העבודה קצר יחסית והתבוננות בחתכים וכדומה מתאימה למיקרוסקופ אורתוסטטי.
במיקרוסקופ הפוך, עדשת האובייקטיבית נמצאת כלפי מעלה והבמה נמצאת מעל לעדשת האובייקט. מיקרוסקופ זה מתאים ביותר לצפייה בתאים חיים, מכיוון שמרחק העבודה של ביומיקרוסקופ הפוך הוא קצר מאוד, ואין דרך לצפות בתאים חיים בתוך צלחת פטרי. עם מיקרוסקופ הפוך זה שונה, פשוט לשים את צלחת הפטרי על במת הנשא ניתן לראות, כי הנתיב האופטי של המיקרוסקופ ההפוך הוא אורז, היקף הזיהוי נמצא למעלה, מרחק העבודה שלו ארוך, יכול בקלות לצפות בתאים החיים בתוך צלחת פטרי.
