השימוש הבסיסי במיקרוסקופ שדה כהה הוא כדלקמן
1. התקן מעבה שדה כהה (או השתמש בנייר שחור עבה כדי ליצור מגן אור והנח אותו מתחת למעבה של מיקרוסקופ רגיל כדי להשיג אפקטים של שדה כהה).
2. בחר מקור אור חזק, בדרך כלל עם אור מיקרוסקופ כדי למנוע מאור ישיר להיכנס לעדשת האובייקטיב.
3. הוסף טיפת שמן ארז בין המעבה לשקופית הזכוכית כדי למנוע השתקפות מוחלטת של האור המאיר על המעבה, אי הגעה לחפץ לבדיקה ותאורת שדה כהה.
4. בצע כוונון מרכז, כלומר, הזז את המעבה אופקית כך שהציר האופטי של המעבה והציר האופטי של המיקרוסקופ יהיו אך ורק על קו ישר. הרם והורד את המעבה, יישר את נקודת המוקד של המעבה (קודקוד הקורה החרוטית באיור 1-2) לאובייקט שייבדק.
5. בחר את עדשת האובייקט המתאימה למעבה, התאם את אורך המוקד ופעל לפי השיטה של מיקרוסקופ רגיל.
