מספר בעיות בשימוש במיקרוסקופ ניגודיות פאזה:
(1) היפוך שלב כאשר n '
(2) אפקט ההילה והעמעום ההדרגתי בתהליך ההדמיה של מיקרוסקופ ניגודיות פאזה, כאשר מבנה נעשה כהה יותר עקב עיכוב פאזה, אינו אובדן אור, אלא תוצאה של פיזור מחדש של האור במישור התמונה. לכן, אור שנעלם בבירור באזורים חשוכים יופיע כהילה בהירה סביב עצמים כהים יותר. זהו חסרון של מיקרוסקופ ניגודיות פאזה, אשר מעכב את התצפית על מבנים עדינים. כאשר הצמצם הטבעתי צר מאוד, תופעת ההילה חמורה יותר. תופעה נוספת של מיקרוסקופ ניגודיות פאזה היא אפקט העמעום, המתייחס לירידה בקונטרסט בקצוות של שטח גדול יותר עם אותו עיכוב פאזה שנצפה במהלך תצפית בניגוד פאזה.
(3) השפעת עובי המדגם בעת התבוננות בהבדל, עובי המדגם צריך להיות 5 מיקרומטר או דק יותר. כאשר משתמשים בדגימות עבות יותר, השכבה העליונה של הדגימה ברורה, בעוד שהשכבה העמוקה יותר תהיה מטושטשת ותייצר הפרעות בהסטת פאזה והפרעות לפיזור אור.
(4) יש לכסות את ההשפעה של זכוכית כיסוי ושקופית על המדגם בזכוכית כיסוי, אחרת קשה לחפוף את הטבעת הבהירה של הפתח הטבעתי והטבעת הכהה של לוחית הפאזה. לתצפית דיפרנציאלית יש גם דרישות גבוהות לאיכות הזכוכית של זכוכית השקופית והכיסוי. כאשר יש שריטות, עובי לא אחיד או אי אחידות, זה יכול לגרום לעיוות של הטבעת הבהירה ולהפרעות פאזה. בנוסף, אם שקף הזכוכית עבה מדי או דקה מדי, זה יגרום לצמצם הטבעתי להיות גדול או קטן יותר.
כיום, מיקרוסקופים אופטיים התפתחו ממיקרוסקופים ביולוגיים מסורתיים לסוגים שונים של מיקרוסקופים מיוחדים. על פי עקרונות ההדמיה שלהם, ניתן לחלק אותם ל:
① מיקרוסקופ אופטי גיאומטרי: כולל מיקרוסקופ ביולוגי, מיקרוסקופ אור נופל, מיקרוסקופ הפוך, מיקרוסקופ מטאלוגרפי, מיקרוסקופ שדה כהה וכו'.
② מיקרוסקופ אופטי פיזי: כולל מיקרוסקופ ניגודיות פאזה, מיקרוסקופ קיטוב, מיקרוסקופ הפרעות, מיקרוסקופ ניגודיות פאזה לקיטוב, מיקרוסקופ ניגודיות פאזה, מיקרוסקופ פלואורסצנטי ניגודיות פאזה וכו'.
③ מיקרוסקופים להמרת מידע: כולל מיקרוסקופים פלואורסצנטיים, מיקרוספקטרומטרים, מיקרוסקופים לניתוח תמונה, מיקרוסקופים אקוסטיים, מיקרוסקופים צילום, מיקרוסקופים לטלוויזיה וכו'.
ציין מספר שימושים במיקרוסקופים: מיקרוסקופ ביולוגי: באופן כללי, ניתן לחלק מיקרוסקופים למיקרוסקופים סטריאו ולמיקרוסקופים ביולוגיים. בשל מטרות ודרישות שונות, קמו ענפים רבים, אך העקרונות הבסיסיים נותרו זהים. קיטוב, ניגודיות פאזה, שידור ואור נופל עדיין מסווגים כמיקרוסקופים ביולוגיים. מיקרוסקופ סטריאוסקופי, הידוע גם כמיקרוסקופ אנטומי, מיקרוסקופ מוצק ומיקרוסקופ סטריאו, הוא מיקרוסקופ רב תכליתי. הוא קל לתפעול, יש לו דרישות נמוכות לדגימות, יש לו מרחק עבודה ארוך, ויש לו תחושה חזקה של תלת מימד בעת התבוננות. ניתן להשתמש בו כדי לצפות בעצמים פיזיים או לבצע פעולות מסוימות בדגימות תוך כדי התבוננות. במקום לחתוך את הדגימה כמו מיקרוסקופ ביולוגי, החיתוך דורש טכנולוגיה וציוד מתאימים. לכן, למיקרוסקופים סטריאו יש מגוון רחב של יישומים בתחומים כמו מיקרואלקטרוניקה, הרכבה ותחזוקה מדויקת של מכשירים וחריטה מיקרו. בשימוש נרחב באנטומיה ובמיקרוכירורגיה בתחומי הביולוגיה והרפואה (המסווגים כיום כמיקרוסקופים כירורגיים), מקור האור המשמש בביולוגיה ורפואה יכול להיות מקור אור קר בלבד (סיבים אופטיים); משמש בתעשייה לתצפית, הרכבה, בדיקה ועבודות אחרות של חלקים קטנים ומעגלים משולבים. מיקרוסקופ מטאלוגרפי: אנשים רבים אוהבים לכתוב אותו כ"מיקרוסקופ מטאלוגרפי". מיקרוסקופ מטאלוגרפי הוא מיקרוסקופ המשמש במיוחד כדי לצפות במבנה המטאלוגרפי של עצמים אטומים כמו מתכות ומינרלים. לא ניתן לצפות בחפצים אטומים אלו במיקרוסקופ שידור רגיל, ולכן ההבדל העיקרי בינם לבין מיקרוסקופ רגיל הוא שהראשון משתמש באור מוחזר, בעוד שהאחרון משתמש באור משודר להארה. במיקרוסקופ מטאלוגרפי, אלומת ההארה מכוונת מעדשת האובייקטיב אל פני האובייקט הנצפה, מוחזרת על ידי פני השטח ולאחר מכן מוחזרת לעדשת האובייקטיבית לצורך הדמיה. שיטת תאורה רפלקטיבית זו נמצאת בשימוש נרחב גם בזיהוי פרוסות סיליקון במעגל משולב.
