מיקרוסקופ אור ואלקטרונים שונים זה מזה. השווה את הווריאציות של מונחים דומים.
מיקרוסקופ אופטי יכול לראות רק מבני תאים ספציפיים, כמו קירות תאים, כלורופלסטים, כרומוזומים מסומנים, מיטוכונדריה, גרעינים וכו', בעוד שמיקרוסקופ אלקטרוני יכול לצפות בכל מבני התא. במילים פשוטות, מיקרוסקופ אור יכול לחשוף את המבנה המיקרוסקופי של התא, בעוד שמיקרוסקופ אלקטרונים עשוי לחשוף את ההרכב התת-מיקרוסקופי שלו.
ההגדלה היא ההבחנה העיקרית. לא משנה כמה זום נעשה שימוש, למיקרוסקופים אופטיים יש הגדלה מקסימלית שמעבר לה העין האנושית לא יכולה להבחין. y(min)=0.61*אורך גל / (n*sinu) המקסימום הוא בערך 1.5 גם אם n*sinu שקוע בשמן, והכמויות הנותרות תלויות בגודל אורך הגל. לכן, התקרבות היא חסרת תועלת מכיוון שההגדלה המקסימלית של מיקרוסקופ אופטי היא בערך פי 1000. מכיוון שאורך הגל של קרני האלקטרונים המשמשות בהדמיה במיקרוסקופ אלקטרונים קצר משמעותית מזה של האור הנראה, הן יכולות לפתור פרטים זעירים, ולאפשר הגדלות של עד כמה מיליונים.
