למיקרוסקופ אלקטרוני יש כמה חלקים
מיקרוסקופ אלקטרוני מורכב משלושה חלקים: קנה עדשה, מכשיר ואקום וארון אספקת חשמל.
1. חבית העדשה כוללת בעיקר מקורות אלקטרונים, עדשות אלקטרונים, מחזיקי דגימות, מסכי פלורסנט וגלאים. רכיבים אלו מורכבים לרוב לגליל מלמעלה למטה.
עדשת האלקטרונים משמשת למיקוד אלקטרונים והיא המרכיב החשוב ביותר בחבית מיקרוסקופ האלקטרונים. בדרך כלל משתמשים בעדשות מגנטיות ולעיתים משתמשים גם בעדשות אלקטרוסטטיות.
2. מכשיר הוואקום משמש להבטחת מצב הוואקום במיקרוסקופ, כך שהאלקטרונים לא ייספגו או יסטו בדרכו. הוא מורכב ממשאבת ואקום מכנית, משאבת דיפוזיה ושסתום ואקום, והוא מחובר לחבית העדשה דרך צינור פליטה.
3. ארון החשמל מורכב מחולל מתח גבוה, מייצב זרם עירור ויחידות בקרת התאמה שונות.
