למיקרוסקופים דיגיטליים יש בעיקר את היתרונות הבאים:
1. יש לו את הפונקציה של מצלמה מיקרוסקופית, אשר שומרת את ההשפעות המיקרוסקופיות שנצפו ויוצרת קבצים גרפיים, אשר ניתן להפיץ למחלקות רלוונטיות; ניתן לצפות במיקרוסקופ האופטי רק דרך העינית, ולא ניתן להשתמש בו לצילום מיקרוסקופי.
2. מחובר למכשירי תצוגה שונים כגון מחשב/טאבלט/טלפון נייד/טלוויזיה/מסך, מספר אנשים יכולים לצפות בו זמנית; רק אדם אחד יכול לראות את המיקרוסקופ האופטי.
3. באמצעות התצוגה המקדימה של המסך, ניתן להפחית את עייפות העיניים; יש לצפות במיקרוסקופים אופטיים דרך העינית כל הזמן, מה שקל לגרום לעייפות יתר של העין.
4. מכשיר ההדמיה של המיקרוסקופ הדיגיטלי יכול להיות בעל פונקציות של מדידה, הדפסת דוחות גרפיים, הקלטת וידאו וכו'; המיקרוסקופ האופטי יכול לבצע רק תצפית מיקרוסקופית.
5. מיקרוסקופ דיגיטלי הוא עידן חדש בפיתוח מכשירים מדעיים מודרניים ויש לו פונקציות רבות שאין למיקרוסקופים אופטיים.
מיקרוסקופים דיגיטליים מתאימים למגוון רחב של מיקרוסקופים אופטיים קונבנציונליים. ניתן להמיר מיקרוסקופים אופטיים קונבנציונליים למיקרוסקופים דיגיטליים על ידי התקנת מצלמה דיגיטלית (כלומר, עינית אלקטרונית). זה קל לתפעול, אינטואיטיבי ובעל יעילות אימות גבוהה. הוא מתאים לבדיקת קווי ייצור תעשייתיים אלקטרוניים, אימות של מעגלים מודפסים, אימות פגמי הלחמה (אי יישור הדפסה, שקיעה וכו') ברכיבי מעגלים מודפסים, אימות של לוח יחיד-, ואקום אימות VFD של תצוגת פלורסנט וכו', הוא מגדיל את התמונה האמיתית ומציג אותה על מסך המחשב, ויכול לשמור, להגדיל ולהדפיס את התמונה. ניתן למדוד באמצעות תוכנת מדידה.
