ידע בעבודה במיקרוסקופיה פלואורסצנטית קונפוקלית
העיקרון הבסיסי של מיקרוסקופ פלואורסצנטי קונפוקאלי: השתמש במקור אור נקודתי כדי להאיר את הדגימה כדי ליצור כתם אור קטן ומוגדר היטב במישור המוקד. הקרינה הנפלטת מהנקודה לאחר ההארה נאספת על ידי עדשת האובייקטיבית ומוחזרת למראה הדיכרואית לאורך נתיב האור המקורי של התאורה. מהווים מפצל קרן. הספקטרומטר שולח את הקרינה ישירות לגלאי. יש חריר לפני מקור האור והגלאי, הנקראים חריר הארה וחור הזיהוי בהתאמה. הממדים הגיאומטריים של השניים עקביים, בערך 100-200nm; ביחס לנקודת האור במישור המוקד, השניים מצומדים, כלומר, נקודת האור עוברת דרך סדרה של עדשות ובסופו של דבר יכולה להיות ממוקדת בחריר ההארה ובחור הזיהוי בו זמנית. בדרך זו ניתן לרכז את האור ממישור המוקד בטווח חור הזיהוי, בעוד שהאור המפוזר מלמעלה או מתחת למישור המוקד חסום מחוץ לחור הזיהוי ולא ניתן לצלם. הדגימה נסרקת נקודה אחר נקודה עם הלייזר, וצינור הפוטו-מכפיל שמאחורי חריר הזיהוי משיג גם את התמונה הקונפוקלית של נקודת האור המקבילה נקודה אחר נקודה, המומרת לאות דיגיטלי ומועברת למחשב, ולבסוף מצטברת על את המסך לתמונה קונפוקלית ברורה של מישור המוקד כולו. .
כל תמונת מישור מוקד היא למעשה חתך אופטי של הדגימה. לחתך האופטי הזה יש תמיד עובי מסוים והוא נקרא גם חתך דק אופטי. מכיוון שעוצמת האור במוקד גדולה בהרבה מעוצמת האור במיקוד הלא-מוקד, ואור המישור הלא-מוקד מסונן על ידי חור הסיכה, עומק השדה של המערכת הקונפוקאלית הוא אפסי בקירוב. סריקה לאורך כיוון ציר Z יכולה לממש טומוגרפיה אופטית, ויוצרות את הרצוי. צפה בקטע האופטי הדו-ממדי בנקודה הממוקדת של הדגימה. על ידי שילוב של סריקת מישור XY (מישור מוקד) עם סריקה בציר Z (ציר אופטי), על ידי צבירת רמות רציפות של תמונות דו מימדיות ועיבודן עם תוכנת מחשב ייעודית, ניתן לקבל תמונה תלת מימדית של הדוגמה.
כלומר, חריר הזיהוי וחור החריר של מקור האור ממוקדים תמיד באותה נקודה, כך שהקרינה הנרגשת מחוץ למישור המיקוד אינה יכולה להיכנס לחור הזיהוי.
הביטוי הפשוט של עקרון העבודה של לייזר confocal הוא שהוא משתמש בלייזר כמקור האור. על בסיס הדמיה מסורתית של מיקרוסקופ פלואורסצנטי, מוסיפים מכשיר סריקת לייזר ומכשיר מיקוד מצומד, והמערכת נשלטת על ידי מחשב לאיסוף ועיבוד תמונות דיגיטליות.
