מציינים את ההבדלים בין מיקרוסקופ אור ואלקטרונים.
ההבדל בין מיקרוסקופ אופטי למיקרוסקופ אלקטרוני הוא שמיקרוסקופ אופטי יכול לראות רק מבנים מסוימים של תאים, כמו דפנות תאים, כלורופלסטים, כרומוזומים מוכתמים, מיטוכונדריה, גרעינים וכו' אברונים קטנים. בקיצור, מיקרוסקופ האור יכול לראות את המבנה המיקרוסקופי של התאים, ומיקרוסקופ האלקטרונים יכול לראות את המבנה התת-מיקרוסקופי.
ההבדל העיקרי הוא ההגדלה. למיקרוסקופים אופטיים יש מגבלת הגדלה, ולא משנה כמה גדול הזום, העין האנושית לא יכולה להבחין בו. y(min)=0.61*אורך גל)/(n*sinu) —— גם אם n*sinu טבול בשמן, המקסימום הוא בערך 1.5, והשאר תלוי בגודל אורך הגל. לכן, המיקרוסקופ האופטי המקסימלי הוא בערך פי 1000, ואין תועלת לזום פנימה. מיקרוסקופים אלקטרונים משתמשים בקרני אלקטרונים להדמיה, ואורך הגל קטן בהרבה מזה של האור הנראה, כך שמרחק הרזולוציה המינימלי y(min) הוא בהרבה ניתן לפתור פרטים קטנים יותר ויותר, וההגדלה יכולה להגיע לכמה מיליונים.
