ידע הקשור למיקרוסקופיה פלואורסצנטית קונפוקלית
העיקרון הבסיסי של מיקרוסקופ פלואורסצנטי קונפוקאלי הוא שימוש במקור אור נקודתי כדי להקרין את הדגימה, ויוצר כתם קטן מוגדר היטב במישור המוקד. הקרינה הנפלטת מהנקודה לאחר ההקרנה נאספת על ידי עדשת האובייקטיבית ונשלחת חזרה אל הספקטרופוטומטר המורכב ממראה צבע דו-כיוונית לאורך נתיב ההקרנה המקורי. הספקטרופוטומטר שולח פלואורסצנטי ישירות לגלאי. ישנם שני חורים לפני מקור האור והגלאי, הנקראים בהתאמה חרירי תאורה וחרירי זיהוי. הממדים הגיאומטריים של השניים עקביים, בערך 100-200nm; בהשוואה לנקודת האור במישור המוקד, השתיים מצומדות, כלומר נקודת האור עוברת דרך סדרה של עדשות ובסופו של דבר יכולה להתמקד הן בחריר ההארה והן בחריר הזיהוי בו זמנית. באופן זה, אור ממישור המוקד יכול להתכנס בטווח של חור הזיהוי, בעוד שאור מפוזר מלמעלה או מתחת למישור המוקד חסום מחוץ לחור הזיהוי ולא ניתן לצלם. על ידי סריקת הדגימה נקודה אחר נקודה בלייזר, צינור הפוטו-מכפיל לאחר זיהוי החור מקבל גם את התמונה הקונפוקלית המתאימה של נקודת האור נקודה אחר נקודה, המומרת לאות דיגיטלי ומועברת למחשב. לבסוף, תמונה קונפוקלית ברורה של מישור המוקד כולו מסונתזת על המסך.
כל תמונת מישור מוקד היא למעשה חתך אופטי של הדגימה, שתמיד יש לו עובי מסוים, המכונה גם חתך דק אופטי. בשל העובדה שעוצמת האור בנקודת המוקד גדולה בהרבה מזו שבנקודת המוקד הלא מוקדית, והאור במישור הלא מוקד מסונן על ידי חרירים, עומק השדה של המערכת הקונפוקאלית הוא בערך אפסי. סריקה לאורך כיוון ציר ה-Z יכולה להשיג טומוגרפיה אופטית, ויצירת פרוסה אופטית דו-ממדית בנקודת המוקד של הדגימה הנצפית. על ידי שילוב של סריקת מישור XY (מישור מוקד) עם סריקה בציר Z (ציר אופטי), ניתן לקבל תמונה תלת מימדית של המדגם על ידי צבירת שכבות רציפות של תמונות דו מימדיות ועיבודן בתוכנת מחשב ייעודית.
חריר הזיהוי וחור מקור האור ממוקדים תמיד באותה נקודה, כך שקרינה הנרגשת מחוץ למישור המיקוד אינה יכולה להיכנס לחור הזיהוי.
הביטוי הפשוט של עקרון העבודה של מיקרוסקופיה קונפוקלית בלייזר הוא שהיא משתמשת בלייזר כמקור האור, ומוסיפה מכשיר סריקת לייזר ומכשיר מיקוד מצומד על בסיס הדמיית מיקרוסקופיה פלואורסצנטית מסורתית. זוהי מערכת הנשלטת על ידי מחשב לרכישה ועיבוד תמונה דיגיטלית.
