ידע על מיקרוסקופיה פלואורסצנטית קונפוקלית
העיקרון הבסיסי של מיקרוסקופיה פלואורסצנטית קונפוקלית: מקור אור נקודתי משמש להקרנת הדגימה, ונוצר כתם אור קטן ומוגדר היטב במישור המוקד. מורכב ממפצלים. מפצל הקרניים שולח את הקרינה ישירות לגלאי. יש חריר לפני מקור האור והגלאי, הנקרא בהתאמה חריר הארה וחור הזיהוי. הגודל הגיאומטרי של השניים זהה, בערך 100-200nm; ביחס לכתם האור במישור המוקד, השניים מצומדים, כלומר, כתם האור עובר דרך סדרה של עדשות, ולבסוף ניתן להתמקד בחריר ההארה ובחור הזיהוי בו זמנית. בדרך זו, האור ממישור המוקד יכול להתכנס בתוך תחום חור הזיהוי, בעוד שהאור המפוזר מלמעלה או מתחת למישור המוקד חסום מחוץ לחור הזיהוי ולא ניתן לצלם. הלייזר סורק את הדגימה נקודה אחר נקודה, וצינור הפוטו-מכפיל לאחר זיהוי החור מקבל גם את התמונה הקונפוקלית של נקודת האור המקבילה נקודה אחר נקודה, אשר מומרת לאות דיגיטלי ומועברת למחשב, ולבסוף נאגרת לצלורה. תמונה קונפוקלית של כל מישור המוקד על המסך.
כל תמונת מישור מוקד היא למעשה חתך אופטי של הדגימה, ולחתך האופטי הזה תמיד יש עובי מסוים, המכונה גם חתך דק אופטי. מכיוון שעוצמת האור בנקודת המוקד גדולה בהרבה מזו שבנקודת הלא-פוקוס, ואור המישור הלא-מוקד מסונן על ידי חור הסיכה, עומק השדה של המערכת הקונפוקאלית הוא בערך אפסי, וסריקה לאורך ה-Z ציר יכול לממש טומוגרפיה אופטית, ויוצר צפה בקטע האופטי הדו-ממדי בנקודה הממוקדת של המדגם. שילוב של סריקת מישור XY (מישור מוקד) עם סריקה בציר Z (ציר אופטי), ניתן לקבל את התמונה התלת מימדית של המדגם על ידי צבירת תמונות דו מימדיות של שכבות רציפות ועיבוד על ידי תוכנת מחשב מיוחדת.
