כאשר בוחרים באיזו מערכת להשתמש או לקנות, השיקול הראשון הוא אילו פרמטרים הכי חשובים לניסוי: מהירות, רגישות, רזולוציה, אבחנה מרובה אורכי גל או כדאיות תאים, שרבים מהם הפרמטרים מתנגשים זה עם זה וצריכים להתפשר. השיקול השני הוא האם מטרת השימוש במערכת זו היא לאיתור ספציפי כלשהו, או לגילוי כללי. באופן כללי, מערכות עם גמישות רבה יותר בבחירת החומרה מתאימות יותר לבדיקות ספציפיות, אך יש להן דרישות טכניות גבוהות יותר להרכבה ושימוש. בחירת מערכת עם תוכנה בוגרת חוסכת זמן. בכל סוג של מערכת שתבחר, תחילה בדוק אותה עם חומרים ניסיוניים משלך. על נציג המכירות של החברה לבחור את הפילטר המתאים, מקור אור העירור ועדשת האובייקטיב בהתאם לצבע הפלורסנטי בו נעשה שימוש בניסוי וההגדלה הנדרשת בעת הדגמת הציוד. בנוסף לחומר הביולוגי המעניין, יש להשתמש בסדרה של שקופיות המכילות צבעים שונים כדי להשוות בין מערכות שונות על סמך הנתונים הכמותיים שהתקבלו.
מִיקרוֹסקוֹפּ
הדבר הראשון שצריך לעשות הוא לבחור בין מיקרוסקופ זקוף (במבט מלמעלה) או מיקרוסקופ הפוך (במבט מלמטה). באופן כללי, מיקרוסקופים הפוכים הם יתרון בעת התבוננות בתאים חיים וקבלת תמונות תלת מימד ברזולוציה גבוהה. השלב של המיקרוסקופ ההפוך מקל על הנסיינים לתפעל דגימות, להקל על הזרקת מיקרו ולהקל על השימוש בחממות מבוקרות סביבתיות. במקביל, המיקרוסקופ ההפוך מספק גם יציבות מכנית טובה יותר להתקנת מצלמת ה-CCD.
בחירת עדשה אובייקטיבית
בחירת עדשת האובייקטיב ומצב השימוש בה הם פרמטר חשוב המשפיע על איכות התמונה. בחירת מטרת המיקרוסקופ הנכונה עבור המדיום ההרכבה היא קריטית להדמיה. מטרות מיקרוסקופ יכולות לתפקד באוויר (בדרך כלל בהגדלה נמוכה), בטבילה במים (WI) או בתמיסת גליצרול (80 אחוז), בשמן סיליקון או בשמן עבור מטרות קונבנציונליות (RI 1.50 עד 1.534). עדשת האובייקטיבית היא החלק החשוב ביותר במיקרוסקופ ויש לבדוק ולנקות אותה באופן קבוע.
