שיטת ספירה ישירה של מיקרואורגניזמים באמצעות מיקרוסקופ
שימוש בהמוציטומטר לספירת מיקרואורגניזמים ישירות תחת מיקרוסקופ היא שיטה נפוצה לספירת חיידקים. היתרון של שיטה זו הוא האינטואיטיביות והמהירות שלה. מניחים את תרחיף החיידקים המדולל כראוי (או ההשעיה של נבגים) בתא הספירה בין השקופית ההמוציטומטר לשקופית הכיסוי, וספור תחת מיקרוסקופ. בשל הנפח הקבוע של חדר הספירה (0.1mm2), ניתן להמיר את המספר הכולל של מיקרואורגניזמים ליחידת נפח בהתבסס על מספר המיקרואורגניזמים שנצפו במיקרוסקופ. בשל העובדה ששיטה זו מחשבת את סכום תאי החיידקים החיים והמתים, היא ידועה גם כשיטת ספירת החיידקים הכוללת.
לוחית ספירת תאי דם היא בדרך כלל מגלשת זכוכית שתוכננה במיוחד עם ארבעה חריצים היוצרים שלוש פלטפורמות. הפלטפורמה האמצעית מחולקת לשניים על ידי חריץ אופקי קצר, ועל כל צד של הפלטפורמה חקוקה רשת. כל רשת מחולקת לתשעה ריבועים גדולים, והריבוע הגדול באמצע הוא חדר הספירה, שבו מתבצעת ספירת חיידקים. מבנה לוחית ספירת תאי הדם מוצג באיור VIII-1.
בדרך כלל ישנם שני מפרטים עבור קנה המידה של חדר הספירה. האחת היא שריבוע גדול מחולק ל-16 ריבועים אמצעיים, וכל ריבוע אמצעי מחולק עוד יותר ל-25 ריבועים קטנים (איור VIII -2); שיטה נוספת היא לחלק ריבוע גדול ל-25 ריבועים אמצעיים, וכל ריבוע אמצעי מחולק עוד יותר ל-16 ריבועים קטנים (איור VIII -1, C). אך ללא קשר לגודל לוח הספירה, מספר הריבועים הקטנים בכל ריבוע גדול זהה, כלומר 16 × 25=400 ריבועים קטנים, כפי שמוצג באיור VIII-2.
אם אורך הצלע של כל ריבוע גדול הוא 1 מ"מ, השטח של כל ריבוע גדול הוא 1 מ"מ. לאחר כיסוי בזכוכית כיסוי, הגובה בין השקף לזכוכית הכיסוי הוא 0.1 מ"מ, כך שנפח חדר הספירה הוא 0.1 מ"מ3.
בספירה, בדרך כלל סופרים את המספר הכולל של החיידקים בחמישה ריבועים, ואז מתקבל הערך הממוצע של כל ריבוע. הכפלה ב-16 או 25 נותנת את המספר הכולל של חיידקים בריבוע גדול, אשר הופך לאחר מכן למספר הכולל של חיידקים ב-1 מ"ל של תמיסה חיידקית.
